Három nappal azután, hogy Joseph Haydn 1794 januárjában második londoni utazására indult, meghalt Esterházy Antal herceg.

Utóda, II. Miklós, aki ugyan konzervatív ízlésű, de lelkes zenebarát volt, azonnal újjászervezte az 1790-ben feloszlatott zenekart, s már ugyanez év nyarán levélben szólította fel karmesterét, hogy újra foglalja el helyét az együttes élén. Haydn azonban nem sietett a hazatéréssel; csak 1795 augusztusában érkezett vissza Angliából, s lépett újra aktívan a herceg szolgálatába. Kötelezettségei közel sem voltak olyan megterhelőek, mint egykor; tevékenységének fő területe az udvarnál a főúri gazdája által leginkább kedvelt egyházi zene lett. 1796 és 1802 között majd minden évben komponált egy ünnepi nagymisét II. Miklós felesége, a Haydn zenéjét kedvelő Maria Josepha hercegnő névnapjára. (Ezeket a műveket szokták „az utolsó hat nagy mise”-ként említeni.) Az 1798-ban, a Teremtés bemutatásának évében elkészült harmadik misét a zeneszerző így nevezte meg sajátkezű műjegyzékében: „Missa in Angustiis”, azaz szorongattatás, félelem idején írott mise. A furcsa cím az egész Európát fenyegető napóleoni háborúkra utal, s e háborúk angol hadvezéréhez, Nelson admirálishoz kapcsolódik a mű ma ismert, nem a szerzőtől származó címe is: 1800-ban az admirális Lady Hamiltonnal együtt Bécsben meglátogatta Haydnt, s a mester, híres vendége tiszteletére újra előadatta a hadvezér 1798-as abukiri győzelme idején komponált miséjét. Ettől kezdve nevezik a művet „Nelson-misé”-nek.
Haydn utolsó hat miséjének egyik érdekessége, hogy a hangszerapparátus mindegyikben más és más. A Nelson-mise eredeti változatában a vonóskar mellett csupán három trombita, üstdobok és orgona szerepelt, s a fafúvókhiánya megnövelte a trombiták jelentőségét: a d-moll tételekben – a nyitó Kyriében („Uram, irgalmazz”) és a Benedictusban („Áldott, aki jön az Úr nevében”) – az eredeti címben jelzett fenyegető karaktert hangsúlyozzák, a gyors tempójú, ragyogó dúr-tételekben pedig erőt és fényt adnak a hangzásnak. A mű egészére jellemző az énekes szólisták és a kórus gyakori váltakozásából kialakuló, áttört szerkezet. A két leghosszabb szövegű tétel, a Gloria („Dicsőség”) és a Credo (a „Hiszekegy”) önmagában is három nagy részre tagolódik, gyors–lassú–gyors elrendezésben. A Gloria csak vonóskarra hangszerelt lassú középrésze („Quitollis”– „Te elveszed a világ bűneit”) után, a „Quoniam” („Mert egyedül Te vagy a szent”) szövegre visszatér az első rész zenei anyaga, s a tételt impozáns kórusfúga zárja. A Credo ezzel szemben zeneileg is három különböző anyagot hoz: a barokkos szigorúsággal szerkesztett első részt, azután a lassú „Et incarnatus”–„Crucifixus” („Megtestesült”–„Megfeszítették”) tömböt, s végül a szinte egy lendületből végigvitt, örvendező „Et resurrexit”(„Harmadnapra feltámadott”) szakaszt. A Sanctus („Szent vagy”) tétel lassú, érzékenyen harmonizált zenével kezdődik, s az Agnus Dei („Isten báránya”) első fele is mintegy lassú bevezetésként hangzik fel a szólista-kvartett előadásában, majd mozgalmas, ragyogó kórus zárja Haydn talán legnépszerűbb miséjét: „Dona nobis pacem” („Adj nekünk békét”).