Hithű lutheránus létére miért írt Bach katolikus misét? Mi több, miért tette ezt a misét élete egyik legnagyobb és legkomplexebb vállalkozásává, vokális életművének csúcspontjává? A szokásos válasz az, hogy művét eredetileg a katolikus szász királyi udvarnak akarta felajánlani, talán állást remélve ott – de ez a magyarázat nem kielégítő, mivel a műnek csak egy részére (a Kyriére és a Gloriára) igaz; ezzel szemben Bach szinte élete végéig dolgozott a misén, látszólag minden külső, gyakorlati késztetés nélkül.

Bach 1724 karácsonyára, a lipcsei – persze lutheránus – Tamás-templom számára írta azt a Sanctust hatszólamú kórusra és zenekarra, melyet ma a h-moll misében hallunk. Lipcsében akkoriban a lutheránus egyház nemhogy nem zárta ki a latin nyelvű éneket, hanem a legfontosabb ünnepeken egyenesen megkövetelte. Az ordináriumnak mind az öt tételét csak katolikus templomokban adták elő latinul, de egy vagy két tétel a lutheránus istentiszteletben is szerepelhetett. Bach összesen öt Sanctust írt a Tamás-templomnak. Leggyakrabban azonban a Kyrie és a Gloria szerepelt a lutheránusoknál, és ezt a tételpárt hívták röviden „Missá”-nak. Bach négy rövid miséje (BWV 233-236), mely csak ezt a két tételt tartalmazza, a Tamás-templom gyakorlatához igazodott.

Kilenc évvel a Sanctus után, 1733-ban írta Bach a jelen Kyriét és Gloriát. Az év nyarán elküldte II. Frigyes Ágost szász választófejedelemnek, egy levél kíséretében, melyben a szász udvari karmester tiszteletbeli címéért folyamodott. (A második folyamodvány után, 1736-ban kapta meg a titulust.) Bach életében összesen háromszor fordult elő, hogy más városban élő magas patrónusnak ajánlott művet: 1721-ben így küldte el Brandenburgi versenyműveit Christian Ludwig brandenburgi őrgrófnak, 1747-ben pedig a Musikalisches Opfer-t prezentálta II. Frigyes porosz királynak.

Nincs adat rá, hogy előadták-e a Missát Drezdában; de a műnek több olyan jellegzetessége van, amely arra utal, hogy Bach a komponálás során tekintettel volt a drezdai udvar gyakorlatára.

Drezda, Szászország fővárosa, a lipcseinél sokkal élénkebb zenei életet mondhatott a magáénak. Volt operaháza, mely rendszeresen szerződtette a legjobb olasz énekeseket. Bach többször megfordult ott, legutóbb 1731-ben, két évvel a Missa beküldése előtt; az operaházban megnézte Johann Adolf Hasse Cleofide c. művét, és több helybeli zeneszerzővel is találkozott.

Bach látta, hogy drezdai kollégái, akik közül nem egy Olaszországból jött, nagyszabású polifon miséket írnak. Ez, valamint a sok kitűnő drezdai énekes és hangszerjátékos, egyszerre jelentett inspirációt és kihívást. Bizonyosan drezdai hatást tükröz a kürtszólós „Quoniam tu solus sanctus” basszusária. Bach ritkán használta a kürtöt szólóhangszerként, és ha megtette, mindig kettesével írta elő. Ez volt az egyetlen alkalom, amikor egyetlen kürtre írt szólót; a drezdaiak számára azonban ez általános gyakorlat volt.

Ha a h-moll mise többi részéhez közeledünk, sokasodni kezdenek a rejtélyek. Csak 1988-ban derült ki – egy japán zenetudós, Kobajasi Jositake jóvoltából -, hogy ezek a tételek 1748-49-ben keletkeztek, A fúga művészete után, és ily módon Bach legutolsó műveinek tekintendők.

Hogy miért szánta el magát Bach éppen akkor, hogy a korábbi Missát teljes öttételes, és egyértelműen katolikus misévé (Missa tota-vá, ahogy akkor mondták) egészítse ki, azt biztosan talán sosem fogjuk megtudni. Hipotézisek léteznek esetleges, meg nem valósult drezdai előadási lehetőségeket illetően. Az is lehet, hogy Bach olyan művet akart írni, amely előadható akár teljes egészében egy katolikus templomban, akár részleteiben a lutheránusoknál. Az, hogy a művet nem a szokásos módon tagolta, mindenesetre erre utal. A katolikus misében a Sanctus-ra megszakítás nélkül következik az Osanna, de Bach különválasztotta a kettőt, és az Osannát a Benedictus-szal és az Agnus Dei-vel kapcsolta össze, vagyis a Sanctust megtartotta önálló tételnek, amint azt a lutheránus gyakorlatban megszokta.

Bachnál igen gyakran fordul elő, hogy korábbi műveit valamilyen formában újra felhasználja. Ezt az eljárást a zenetudomány „paródia-technikának” hívja (természetesen a szó humoros konnotációja nélkül): szó lehet változatlan átvételről és alapos újrakomponálásról egyaránt. A h-moll mise tételeinek mintegy a fele megy vissza korábbi kompozíciókra, ami arra enged következtetni, hogy talán a többi tételeknél is hasonló lehet a helyzet, csak ott az eredeti művek elvesztek. George Stauffer amerikai zenetudós szerint a mise alkalmat adott Bachnak, hogy „korábbi műveit még egyszer utoljára tökéletesítse”, és a mise így afféle „antológia negyven év egyházi és világi műveiből”. Bach biztosan nemcsak kényelemből vett át ennyi korábbi művet. A régi zenei gondolatok új ötleteket szültek: mintha valamiféle „szuper-variációs formával” állnánk szemben, amely sok művet és sok alkotó évet fog át.