„Mint jegyesek, már régtől fogva együtt jártunk szentmisére, gyónásra és áldozásra, és úgy találtam, soha olyan bensőségesen nem imádkoztam, olyan áhítattal nem gyóntam és áldoztam, mint az ő oldalán. És éppen így érzett ő is. Egyszóval egymásnak vagyunk teremtve, és Isten, aki mindent elrendel, és ennélfogva ezt is így rendelte, nem fog elhagyni minket” – írta Mozart 1782. augusztus 17-én apjának, közel két héttel azután, hogy elvette imádott Constanzéját. Házasságáért hálából megfogadta, hogy misét komponál, melyet Salzburgban szándékozott előadatni, amikor nejével együtt meglátogatja Leopold Mozartot. Korábbi miséitől eltérően Mozart nagyszabású „kantáta-misét” tervezett, feltételezhetően Constanze előadásában. A készülő műről először egy 1783. január 4-i levélben tesz említést: „A morállal úgy áll a dolog valóban! Nem ok nélkül szaladt ki a szó tollamból. Valóban szívemben megfogadtam, és remélem, meg is tartom. (…) fogadalmam őszinteségét azonban bizonyíthatja annak a félig elkészült misének a partitúrája, amely még egyelőre várandós állapotban fekszik.” Mozart még 1782 júliusában fogott hozzá a c-moll mise megírásához, és a következő év májusáig dolgozott rajta, de nem készült el vele. A salzburgi látogatásra csak a nyáron került sor, ekkor Mozart magával vitte a félig kész mise partitúráját is, ám ott sem fejezte be a művet, amelynek így csak a Kyrie és Gloria tételét mutatták be a salzburgi Szent Péter apátság templomában, 1783. október 26-án. A c-moll mise végül töredékes maradt: a Kyrién és Glorián kívül a Sanctus és Benedictus készült el, a Credóból csupán az első két tétel („Credo in unum Deum” és „Et incarnatus”), az Agnus Deiből pedig semmi.

„A c-moll mise stílusának sajátos jellemzőit Mozart ez időbeli tevékenységének és kompozícióinak tágabb összefüggésében kell szemlélnünk” – figyelmeztet Stanley Sadie az új Grove lexikonban. „1782-ben kapcsolatba került Gottfried van Swieten báróval, akinek házában rendszeresen játszott. Berlini nagykövetként van Swieten a későbarokk zene kedvelőjévé vált, amit az akkori Bécsben, régi zenét művelő köröktől eltekintve alig lehetett hallani.” Mozart érdeklődését is felkeltették ezek a művek, több Bach-fúgát lemásolt, komponált egy szvitet és számos fúgát is. A c-moll mise Mozart első nagyobb kompozíciója, amelyen nyomot hagyott a Bach és Händel művészetével való megismerkedés. Részben e találkozásnak tulajdonítható Mozart megnövekedett érdeklődése az ellenpont iránt (ez megfigyelhető ekkoriban írt hangszeres alkotásain, például a K. 387 G-dúr vonósnégyesen is), de talán ennél is fontosabbnak tűnik, hogy egyfajta archaizáló hangvétel jelenik meg Mozart zeneszerzői palettáján. Ez a stílus a c-moll mise „Qui tollis” tételében a legszembeötlőbb: a vonósok túlpontozott ritmusai a méltóságteljes „francia nyitány” karakterét idézik, a basszus vonala a barokk passacagliák jellegzetes, kromatikusan ereszkedő ostinato-ját követi, miközben a két kórus váltakozva énekli súlyos veretű, fájdalmas-kromatikus szólamait. De a szólótételek némelyikében is felfedezhető az archaizáló vonás: a „Domine Deus” duett és a „Quoniam” tercett magasrendű ellenpont-technikával megírt énekszólamai, barokkos figurációi és szinte csupasz continuo-textúrája egyértelműen Bach és Händel hatásáról árulkodnak. A többi szólótétel kifejező dallamossága és díszítettsége inkább a kor bevett osztrák egyházi stílusát követi („Laudamus”, „Et incarnatus”), akárcsak a Gloriát záró „Cum Sancto Spiritu” remekbe szabott, ám érezhetően a Fux-féle sablon szerint készült fúgája. A Kyriében egy tételen belül jelentkezik a c-moll mise egészét jellemző stiláris sokrétűség: a sötét tónusú két „Kyrie” szakasz nagy dallamívei, szigorú ellenpont-szerkezete a „Christe” békés hangulatú, Esz-dúr szopránáriáját fogja közre. „De – mint Sólyom György írja – mindezeknek már legföljebb eredetéről, forrásairól mutatható ki a „barokkos, egyházias”, illetve „modern, operai” stílus kontrasztja – a teljes tétel „lélegzete”, tartása a mozarti humánum forróságának egy és töretlen kiáradása.”

A c-moll mise meglevő tételeit – két új áriával kiegészítve – Mozart 1785-ben újra felhasználta a bécsi Tonkünstler-Sozietät hangversenyére komponált kantáta, a Davidde penitente (K. 469) zenéjéhez.