I. Adagio – Allegro II. Andante III. Finale. Presto

A kézirat végén Bécs, 1786. december 6. olvasható a befejezés dátumaként. Eleget téve a korábbi meghívásoknak, Mozart hamarosan útra kelt Prágába, ahol majd egy hónapot időzött. Készen vitte magával új, feltehetően kifejezetten Prága számára komponált D-dúr szimfóniáját, amelyet január 19-én mutattak be (innen a "Prágai" melléknév). Érdekes, hogy Mozart érett éveiben az 1788-as három (utolsó) szimfóniáig Bécs számára nem írt szimfóniát. Bécsi népszerűsége ekkor már leáldozóban volt, de Prágában kitörő lelkesedéssel fogadták. "Itt másról sem beszélnek, mint a Figaróról… az udvariasság és a megtiszteltetés megannyi jegyével halmoznak el, és Prága valóban nagyon szép és kellemes város" – írta Mozart egyik Bécsbe címzett levelében. Zongoraművészként és karmesterként egyaránt fellépett. A Figaro egyik előadását és új szimfóniáját maga vezényelte el. Prágai sikerei fontos szerződést eredményeztek, a Don Giovanni megrendelésével zsebében tért haza Bécsbe.
A Prágai szimfónia szokatlan módon csak három tételes, de nem esztétikai szempontok miatt, hanem mert Mozart úgy tudta, a prágaiak a három tételből álló, menüett nélküli szimfóniához szoktak.
A D-dúr alaphangnem a ragyogás, a pompa, a vidámság hangneme, a komponálás technikája pedig inkább a motivikus fejlesztés elvén alapul, semmint állandó tematikus anyag használatán. Súlyosabb és terjedelmesebb lassú bevezetés kerül a darab élére, mint bármely korábbi Mozart-szimfóniában. Haydn bevált technikája volt a lassú bevezetés használata, de ennél bensőbb kapcsolat is kimutatható a két szerző "mester és tanítvány" darabjai között. Az első tétel tematikája rendkívül egységes, ez is feltehetően Haydn öröksége. Formája szokatlan a szimfónia nyitótételek között, inkább a Prágai szimfóniát közvetlenül megelőző C-dúr zongoraverseny (K. 503) ún. ritornell struktúrájára utal. Úgy tűnik, még a szimfónia írása idején is ez a kompozíciós technika izgatta Mozartot.
A lírai Andante rövid motivikus gondolatok állandóan változó, fejlődő ismétlésén alapul. Szinte érzéki szépségű ez a zene, a Don Giovanni világát előlegezi, és a hangulati kontraszt, amelyet a tétel igen sötét tónusú középrésze idéz föl, a mozarti életöröm és fájdalom kettősségét állítja hallgatói elé.
Elengedettebb karakterű zene a Finale. A Figaro zenéjével, az opera legderűsebb pillanatainak hangulataival rokon, szinte hallani benne a vígjáték kalandos eseményeit, a cselekmény váratlan fordulatait. Természetesen minden programgondolattól mentes, tisztán zenei jellegű ötletek teszik oly izgalmassá ezt a tételt.
A Prágai szimfóniát és az akkoriban keletkezett műveket Mozart "késői", letisztultabb, elmélyültebb, inkább a kidolgozottság, a kontrapunktika irányába fejlődő stílusának nyitányaként is tekinthetjük.